أنشُئت كنيسة الأنبا رويس الأثرية فى القرن الرابع عشر باسم كنيسة القديس مرقوريوس " أبو سيفين " وعندما دفن فيها القديس الأنبا رويس فى سنة 1404 ميلادية عرفت هذه الكنيسه باسم القديس الأنبا رويس . ويأتى الى الكنيسة الآلاف لينالوا بركة القديس ويتشفعون إليه أن يذكرهم أمام الرب السماوى ، وكثيرين شعروا بقوة صلاة القديس من أجلهم وفى تنفيذ مطالبهم وحل مشاكلهم .
ويقع مزار القديس الأنبا رويس تحت مذبح الكنيسة وعن يمين المزار ( ناحية الجنوب ) يرقد أربعة من الباباوات المرقسيون هم الأنبا متاؤس الأول ( 87 ) الأنبا يؤانس الحادى عشر ( 89) والأنبا متاؤس الثانى (90) ن الأنبا غبريال السادس (91) . وعند أسفل السلم يرقد تلميذ القديس المدعو سليمان ، وبجواره أنبوبة بها رفات القديس آبالى بن يسطس
حاول بعض المحبين للقديس تجديد الكنيسة وإصلاح القبر وذلك عن طريق هدمها لتبنى على طراز حديث. فما كاد العامل يهوى على القبر بفأسه حتى شلت يمينه فصرخ مستغيثاً فأتى كاهن الكنيسة وصلى عليه حتى عادت إليه الحركة ومن تلك الساعة تُرك القبر على حاله دون أن يمسه أحد بتغيير . وفى عام 1949م قامت نهضة الكنائس القبطية بتجديد بيعة القديس ورأت أن تخرج رفاته المقدسة ويبنى قبره من جديد وعندما أستأذنوا البابا يوساب الثانى فى نقل رفات القديس لحين تجديد مقبرته، أبى عليه ذلك وأمر أن يبقى جسد القديس فى مكانه ويُعمل التجديد اللازم حوله . فعرف رئيس الجمعية والشعب القبطى أن القديس ما زال يغار على قبره ولا يرغب فى نقله من مكانه . وتجددت الكنيسه مرتين فى عهد قداسة البابا شنوده الثالث أدام الله كهنوته سنين طويلة وأزمنة هادئة مديدة